Гипотеза мира РНК ставит РНК в центр внимания при зарождении жизни. и, возможно, единственной - формой жизни до появления первой ДНК- клетки.
Рибозим со свойствами РНК-полимеразы синтезировал функциональные молекулы РНК
По-видимому, основные строительные блоки этой клеточной машины всегда — от начала жизни и до настоящего времени — были одними и теми же: это эволюционирующие и взаимодействующие белки и молекулы РНК». Источник: что и требовалось доказать Юрий ГеоргиевГуру 3931 11 лет назад Профессор Густаво справедливо опрвергает прежнее предположение, но предлагает новое еще менее убедительное и никем не доказанное..
Этот механизм приводил к образованию большого количества копий разрушенного полимера. Во второй модели к пулу РНК-цепочек, способных к спонтанному образованию рибозим, были добавлены ферменты, катализировавшие расщепление. Полимерные цепочки могли спариваться определенным образом, что приводило к образованию молекул РНК, способных к саморазрушению. Репликация полимера осуществлялась за счет циклического изменения температуры, что позволяет предположить, что древние полимеры могли размножаться при помощи циклов день-ночь.
Согласно этой гипотезе, первые репликаторы на Земле были представлены РНК-молекулами, способными самостоятельно воспроизводиться без участия белковых ферментов.
Однако возникал вопрос: как такая молекула могла возникнуть из предшественников, не обладавших каталитической активностью. Исследования показали, что рибозим, способный катализировать расщепление других молекул, мог возникнуть спонтанно, так как для его функционирования требовалось лишь несколько консервативных оснований. Однако оставалась проблема: как такое свойство могло сохраниться в процессе биохимической эволюции. Ученые разработали модель, имитирующую случайные разрывы в простых молекулах РНК без ферментативной активности. В результате образовывались короткие цепочки РНК, которые действовали как праймеры для синтеза более длинных цепей.
Триггером могут быть лекарства оральные контрацептивы, антидепрессанты, бета-блокаторы , травма, эмоциональный стресс или проблемы с диетой, вроде нехватки калорий, белка и жирных кислот в пище. Еще одна возможная причина — облучение ультрафиолетом. Трихологи даже замечают «эффект лета», когда количество пациентов с телогеновой алопецией увеличивается с июля по октябрь. Вряд ли Лиланд Палмер оголодал в Твин Пиксе, знаменитом своими вишневыми пирогами. Также маловероятно, что в феврале ему напекло голову. Но эмоциональный стресс налицо, как, впрочем, вероятно и использование антидепрессантов. Под клиническую картину не подходит лишь срок появления седины — с момента смерти Лоры к началу второго седого сезона проходит пара недель, а не два-три месяца, которые необходимы для манифестации заболевания. Пусть время в Твин Пиксе течет очень своенравно, но версию с telogen effluvium для Лиланда все же придется отбросить. Но вот в случае с Марией Антуанеттой на развитие седины после избыточного выпадения волос времени было более чем достаточно: между заключением в Тампль и восхождением на эшафот прошло более года. Кроме того, королеву в заточении почти никто не видел, а значит ее появление на казни поседевшей могло быть воспринято как произошедшее за одну ночь. Но у Лиланда был один недостаток: он нервничал. Вы нервничаете Помимо повышенной скорости выпадения волос стресс приводит к истощению популяции стволовых клеток, которые могли бы стать меланоцитами. Важную роль в поддержании работы волосяного фолликула играют окружающие его клетки: например жировой ткани и иммунные. Волосяные фолликулы также оплетены чувствительными нервами и нервами вегетативной нервной системы. При этом вегетативная нервная система — одна из главных при реагировании на стресс. В современном мире нам редко приходится использовать эту реакцию в прямом смысле, тем не менее симпатическая нервная система все равно активируется. Но нервы, которые находятся в тесном контакте с волосяным фолликулом, в ситуации стресса могут случайно нарушить его работу. Часть нервных окончаний симпатической системы примыкают к области выпуклости, где обитают предшественники меланоцитов. У мышек стресс приводит к выбросу адреналина из нервных окончаний у фолликула. Из-за адреналина стволовые клетки начинают слишком активно делиться и мигрировать. В конце концов в области выпуклости ничего не остается: популяция предшественников меланоцитов полностью истощается, растущий волос некому подкрасить и появляется седина. Особенности биологии волоса, его роста и пигментации отличаются у людей и других млекопитающих: например, циклы роста у грызунов, как правило, короче и чаще, чем у человека. Кроме того, разнится и возраст появления седины: в то время как шимпанзе и собаки отращивают седину старея, у самцов серебристоспиных горилл седина появляется после 12 лет как статусный аксессуар. Поэтому переносить результаты исследований с животных на человека следует с осторожностью. Косвенно на роль активации симпатической нервной системы в появлении седины от стресса у человека указывают случаи пациентов, у которых иссечение симпатических нервов на уровне шейного или поясничного отделов приводило к тому, что седина, наоборот, появлялась позже обычного. И если во внезапно появившейся седине виновата избыточная активация симпатической нервной системы, то поседевшие волосы — меньшая из проблем организма. Как, впрочем, было и у мистера Палмера. Седина — не то, чем кажется Если нормальная физиологическая серебристая шевелюра ассоциируется со старостью, то появление значительной седины до 30 лет считается преждевременным. Как и стрессовое внезапное поседение в любом другом возрасте. Остается вопрос: если наступает преждевременная седина — означает ли это и преждевременное старение? Эпидемиологические исследования показывают, что ранняя седина связана с повышенным риском сердечно-сосудистых заболеваний, метаболическим синдромом, остеопенией это уменьшение содержания минералов в костной ткани , болезнью Альцгеймера и даже тяжелым протеканием коронавирусной инфекции. Причем ранняя седина ухудшает прогноз по появлению заболеваний сердца до 40 лет даже сильнее, чем лишний вес или семейный анамнез. Так что ранняя седина, кажется, идет рука об руку с несвоевременным появлением возрастных болезней: сердце шалит, кости ломаются, голова начинает работать с перебоями. Возможно, дело в том, что седина — чувствительный маркер нарушений в организме. Каждый волосяной фолликул — микроорган, который спонтанно отмирает и регенерирует раз в три-пять лет. Но в условиях стресса фолликулу сложнее самовосстанавливаться: это может быть связано с повреждением клеток свободными радикалами или хроническим воспалением. Избыточная активация симпатической нервной системы — тоже одна из возможных причин. При этом стрессовое истощение задевает не только лишь волосы. Исследования показывают, что стресс и изменения в балансе возбуждения и торможения симпатической нервной системы ускоряют старение всего организма. Стресс приводит к нарушениям в метаболизме глюкозы и жиров, увеличению рисков развития ожирения, сахарного диабета, заболеваний печени и сердечно-сосудистых заболеваний.
Найдено подтверждение гипотезы «РНК-мира»
Новые доказательства гипотезы РНК-мира: ученые обнаружили способ самовоспроизведения молекул без участия белков. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира. Результаты исследования, которое фактически доказывает гипотезу существования РНК-мира, опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS).
Учеными из США найдены новые доказательства РНК-мира
Смеси должны были бы высыхать и подвергаться воздействию ультрафиолетового света — это могло случиться на суше, которая на Земле более четырех миллиардов лет назад была в дефиците. Она добавила, что несмотря на то, что исследование «умное» и «не совсем невозможное», существуют «другие, лучшие гипотезы относительно мест возникновения жизни и пребиотических молекул». Ранее английские химики воссоздали возможный механизм образования РНК у истоков жизни. На сайте могут быть использованы материалы интернет-ресурсов Facebook и Instagram, владельцем которых является компания Meta Platforms Inc.
Используя компьютерное моделирование на основе структуры фермента РНК, они показали, что даже спонтанное, неферментативное расщепление может способствовать размножению олигомеров за счет образования коротких фрагментов, выступающих в роли затравок для дальнейшего роста. Естественный отбор мог способствовать развитию каталитической эффективности этих молекул. Модель также указывает на то, что кооперативные каталитические сети могли быть отобраны эволюцией, что привело к функциональной дифференциации олигомеров на катализаторы и субстраты.
Фото Археологическая группа из University of Colorado Boulder обнаружила верхнюю часть огромной статуи фа... Да, в самое ближайшее время - 44.
Однако оставалась проблема - как именно это свойство сохранилось в процессе биохимической эволюции. Чтобы прояснить этот вопрос, ученые разработали модель, имитирующую случайные разрывы в простых молекулах РНК без ферментативной активности. Эксперимент показал, что из таких разрывов возникали короткие цепочки РНК, действующие как праймеры для синтеза более длинных цепей РНК. Это приводило к образованию множества копий разрушенного полимера.
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
По этому признаку и происходил отбор молекул: наиболее быстро копирующиеся молекулы быстро начинали доминировать в среде. Затем часть их переносилась в новую среду, богатую субстратом, где это повторялось. За 3 суток каталитическая активность молекул за счёт всего 11 мутаций увеличилась в 90 раз. Они развились потом в ходе эволюции под действием естественного отбора. В 2009 году канадские биохимики из Монреальского университета, изучив основную составляющую рибосомы, молекулу 23S-рРНК, показали, каким образом из относительно небольших и простых рибозимов мог развиться механизм белкового синтеза. Молекула была подразделена на 60 относительно самостоятельных структурных блоков, основным из которых является каталитический центр пептидил-трансферазный центр, PTC, peptidyl-transferase centre , ответственный за транспептидацию синтеза белка. Было показано, что все эти блоки можно последовательно отсоединять от молекулы без разрушения её оставшейся части до тех пор, пока не останется один лишь транспептидационный центр. При этом он сохраняет способность катализировать транспептидацию.
Если каждую связь между блоками молекулы представить в виде стрелки, направленной к тому блоку, который при отрыве разрушается, то такие стрелки не образуют ни одного замкнутого кольца. Если бы направление связей было случайным, вероятность этого составляла бы менее одной миллиардной.
Ученые поражаются, насколько некоторые микроорганизмы могут быть живучи. Одни из них, открытые Пастером, способны жить в атмосфере, лишенной кислорода, другие — выдерживают действие самых ядовитых веществ, как-то: серной кислоты, сулемы и самых едких щелочей. Кто дал этим невидимым нами существам жизнь и снабдил эту жизнь такими исключительными свойствами? Если вы, читатель, не верите в чудеса на том основании, что все сверхъестественное противоречит законам природы или является нарушением этих законов; если вы вообще не верите во все то, «чего не видите, не понимаете, не можете объяснить», то объясните мне наличие в природе таких живучих микроорганизмов? Ученые отрицают чудеса, забывая о том, что весь мир видимый, Макрокосмос и Микрокосмос и все, что их наполняет — это сплошное чудо!
Наука не признает возможности чуда, потому что сферой ее деятельности являются вещи исключительно материальные, видимые, осязаемые, объяснимые естественным путем. Но, если наука занимается только вещами, движущимися в пространстве, находящимися в природе, тогда такие отрасли науки, как психология или социология не имеют права называться науками, потому что их предмет не может быть проверен в лабораторных стеклянных пробирках. С другой стороны, если психология и социология суть науки, то на каком основании не признаются науками этика и религия, оперирующие в области морали, нравственности, души и духа? Если наука признает чудом все, что выходит за рамки естественных объяснений и ответов, то подобных необъяснимых в природе явлений — бесконечное множество. Если наука отказывается признать все эти феномены, феноменами, а пытается выдать их за «чудеса природы», «рефлексы мозга», «наследственность», «чрезмерно развитые физические инстинкты» и прочее, то тем хуже для науки. Ибо этим своим действием она лишает себя права называться подлинной наукой, призванной объяснять научным путем феномены Макрокосмоса и Микрокосмоса. Каждый факт в природе может быть связан с тайнами, которые трудно раскрыть, но мы не имеем права отрицать того или иного факта на том лишь основании, что его загадочность, нами еще не объяснена.
Из этого наблюдения у ряда ученых родилось любопытное предположение: репликация ДНК появилась позже рибосом и системы синтеза РНК, хотя четких доказательств пока нет. Теоретически именно ДНК могла возникнуть как вспомогательный элемент догмы: нечто крупное и неповоротливое, что удобно хранить, поднимая время от времени нужные гены. Впрочем, оказалось, что РНК способна и к самокопированию, и даже к изменчивости, то есть накоплению мутаций и некоторого рода эволюции. Эксперименты, показавшие эти ее свойства, были проведены еще в прошлом веке и тоже стали кирпичиком новой гипотезы. Одним из первых их провел британский молекулярный биолог Лесли Орджел, который, помимо своих научных исследований, известен забавным «правилом Орджела»: «Эволюция умнее, чем ты». К началу нового века гипотеза РНК-мира сформировалась окончательно. Многократно самокопирующаяся РНК действительно могла породить всё живое на Земле, постепенно отграничив себя от пространства и сформировав протоклетку. Но, как это обычно случается в науке, возникли новые вопросы. В первую очередь ко второй части молекулярной догмы: как именно появилась крепкая связь между РНК и аминокислотами и как, наконец, появилась система синтеза белка? Предполагаемая схема «первоклетки» — РНК, окруженная билипидным мембранным слоем.
Источник Но есть нюанс Гипотеза РНК имеет обширную доказательную базу и по праву считается одной из самых логичных и подходящих для объяснения формирования жизни. Но и у нее есть недостатки, или, вернее, вопросы, ответы на которые в рамках самой гипотезы найти сложно. Во-первых, РНК очень нестабильна, а время ее жизни крайне ограничено. Сложно представить себе «начало начал», способное распасться при малейших изменениях в окружающей среде. РНК нуждается в ионах двухвалентных металлов, в основном в магнии, но при этом распадается при их слишком большой концентрации. РНК любит кислую среду, но практически не выдерживает щелочной. Во-вторых, много вопросов и к самому «случайному» синтезу. Да, сахара действительно могли быть занесены извне, и да, протонуклеотиды действительно могли быть синтезированы из «того, что было». Но вот представить себе синтез итоговой молекулы РНК сложно — слишком много условий должно было совпасть для этого та же рибоза если и была занесена из космоса, то явно в очень малых количествах. Экспериментально, впрочем, возможность соединения сахара и нуклеотида уже была показана, но ведь есть и третий участник — остаток фосфорной кислоты, и о его ранней судьбе данных пока нет.
Всё это привело к тому, что из гипотезы РНК-мира возникла подгипотеза — пре-РНК-мира: в начале появились первичные метаболические компартменты-протоклетки, а потом уже в них пошел синтез реплицирующихся молекул РНК, где возникали все возможные варианты соединения трех участников, пока не был найден единственный верный. В-третьих, возникает вопрос о формировании протоклетки. Да, мембрана очень полезна — она защищает хрупкую РНК, позволяя ей «жить» чуть дольше, чем просто в обычном растворе. Но точно так же она отделяет РНК от необходимых ей элементов — нуклеотидов и ионов. То есть для формирования первых бислоев с включенной в них РНК уже должны были появиться какие-то простые системы закачки или хотя бы связывания нужных элементов, своего рода первичные челночные системы. Даже это в целом представить можно, но каким образом РНК координировала их работу? Из предыдущего вопроса вполне логично вытекает следующий: каким образом эти белки оказались встроены в мембрану, а главное — как появился генетический код, позволяющий синтезировать эти белки?
Процесс не обошелся без инопланетного вмешательства — нужные молекулы были занесены на Землю кометами. Статья опубликована в журнале Science, о деталях исследования также сообщается на сайте издания. Главный вопрос, на который предстояло ответить — как пурины, аденозин и гуанозин, которые превращают РНК в сложный комплекс, могли возникнуть из так называемых дожизненных молекул. Цепочку химических реакций, приведших к такому результату, и описали немецкие ученые.
Ученые описали, как появилась РНК
Идея мира РНК была впервые высказана Карлом Вёзе в 1968 году, позже развита Лесли Орджелом и окончательно сформулирована Уолтером Гильбертом в 1986 году. Результаты исследования, которое фактически доказывает гипотезу существования РНК-мира, опубликованы в журнале Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS). Это предположение называется гипотезой РНК-мира и пользуется поддержкой среди современных учёных. Биохимик Р. Шапиро критикует гипотезу РНК-мира, считая, что вероятность спонтанного возникновения РНК, обладающей каталитическими свойствами, очень низка. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили о новых доказательствах в пользу гипотезы РНК-мира. Последние новости по теме рнк. Согласно гипотезе РНК-мира, молекула РНК играла ключевую роль в молекулярных процессах и биохимических реакциях, которые привели к появлению жизни на Земле.
Японские ученые впервые доказали способность РНК эволюционировать
В обзоре рассматривается развитие исследований необычных свойств РНК, интенсивно начавшиеся в самом начале 80-ых годов XX века, что привело к формированию концепции «Мир РНК». Гипотеза мира РНК утверждает, что первые жизненные формы могли появиться на основе РНК. В рамках своего проекта ученые поставили под сомнение достоверность гипотезы РНК-мира. и, возможно, единственной - формой жизни до появления первой ДНК- клетки.
Противоречия гипотезы мира РНК
- Установлено, как первые формы жизни, возможно, упаковывали РНК
- Гипотеза мира РНК
- Ученые описали, как появилась РНК
- гипотеза "Мир-РНК"
- РНК умеет все?
Ученые предположили новое объяснение возникновения жизни на Земле
Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. Гипотеза мира РНК — это гипотетический этап процесса зарождения и развития жизни на Земле, когда молекулы рибонуклеиновых кислот (РНК) выполняли две ключевых функции. Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии. Ученые Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира. Согласно гипотезе «РНК-мира», когда первая такая молекула появилась на планете, она служила и материалом генетического хранения, и функциональным элементом для катализации химических реакций, а ДНК и белки развились намного позже. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории опубликовали статью в журнале eLife, в которой сообщили об обнаружении новых доказательств гипотезы РНК-мира.
Исследования по гипотезе РНК-мира: возникновение саморепликации
Существует ряд методов, позволяющих подавлять экспрессию определенных генов, в том числе, использование антисмысловых олигонуклеотидов, рибозимов, химических блокаторов, а также разрушение нужного гена во всем организме путем внесения соответствующих мутаций в зиготу. Однако эти методики либо сложны, либо не всегда эффективны и не обеспечивают полного сайленсинга гена то есть подавления экспрессии в экспериментальных моделях млекопитающих. В отличие от перечисленных методик, технологии, основанные на явлении интерференции РНК деградация мРНК при введении в клетку соответствующих им 81РНК или экспрессирующих их конструкций , просты в исполнении, эффективны и обладают большой специфичностью распознавания молекулы-мишени. Биохимически и функционально это молекулы практически неразличимы, и принцип их подразделения основан на природе предшественников.
По происхождению малые РНК можно разделить на экзогенные индуцируемые или кодируемые вирусами, либо введенные искусственно и эндогенные образующиеся при транскрипции собственных генов клетки. Сигналом для инициации интерференции РНК служит появление в клетке экзогенной вирусной или введенной в ходе эксперимента либо эндогенной транскрибированной с собственных генов клетки дцРНК. Минимальный размер дцРНК, достаточный для индукции интерференции, - 26 п.
Скорее всего, такое ограничение защищает от деградации собственную клеточную мРНК с короткими внутримолекулярными самокомплементарными структурами. Предполагают, что расщепление дцРНК у млекопитающих осуществляется последовательно с одного конца молекулы. В результате работы Dicerобразуются двухцепочечные siРНК длиной 20-25 п.
Именно такая структура необходима для участия в последующих этапах процесса, приводящего к сайленсингу РНК. Следующие стадии интерференции - распознавание и фрагментация РНК-мишени. Очевидно, именно домен PIWI обусловливает эндонуклеазную активность всего комплекса.
У растений и червей может происходить амплификация siРНК. У этих организмов интерференции РНК имеет системный эффект, как следствие передачи сигнала из клетки в клетку или его доставки во все ткани организма. Такое явление называется системной супрессией.
Передача дцРНК или siРНК у растений может происходить по цитоплазматическим мостикам из клетки в клетку или по системе сосудов. Эта реакция протекает с использованием энергии АТР. Такой модифицированный комплекс функционально активен.
У растений и нематод существует механизм амплификации siРНК. Механизм интерференции РНК I. В стрессовые гранулы при стрессе включается не вся клеточная мРНК: часть ее продолжает сохранять диффузное распределение в цитоплазме.
По-видимому, для инкорпорации мРНК в стрессовые гранулы не нужны какие-либо специфические сигнальные последовательности, поскольку репортерная мРНК, не несущая известных сигнальных последовательностей, включается в состав стрессовых гранул. Скорее всего, специфические сигнальные последовательности нужны для исключения РНК из стрессовых гранул. Возможно, что из стрессовых гранул выводятся как раз те РНК, трансляция которых необходима при стрессе.
В составе стрессовых гранул выявлены различные РНК-связывающие белки, связывающие как большинство цитоплазматических мРНК, так и специфические последовательности в определенных мРНК. Белок Staufen, входящий в состав транспортирующихся мРНП, входит и в состав стрессовых гранул в олигодендроцитах, вероятно, как «неспецифический» РНК-связывающий белок. Структурная основа стрессовых гранул не изучена, но весьма вероятно, что она состоит из прионоподобного конгломерата РНК-связывающего белка ТIА-1, обычно локализованного в ядре.
Одной из первых адаптивных реакций при стрессовых воздействиях на эукариотическую клетку является изменение в системе трансляции. С одной стороны, происходит общее падение уровня синтеза белка в клетке, а с другой — активация трансляции некоторых видов мРНК. Образование стрессовых гранул происходит одновременно с общим снижением синтеза белка.
В настоящий момент принято считать, что именно ингибирование синтеза белка на стадии инициации трансляции вызывает появление стрессовых гранул в цитоплазме. В случае окислительного стресса, вызванного арсенатом, образование стрессовых гранул зависит от ингибирования инициации трансляции за счет фосфорилирования фактора еIF2. В такой ситуации формируются неканонические инициаторные комплексы, которые не могут перейти к элонгации трансляции.
Каков бы ни был механизм, запускающий образование стрессовых гранул, при стрессорном воздействии первоначально диффузное распределение мРНП сменяется на локализацию в отдельных точках цитоплазмы — стрессовых гранулах. Для подобного изменения локализации необходимы значительные перемещения индивидуальных мРНП. При этом необходимо отметить, что размер мРНП достаточно велик и свободная диффузия частиц подобного размера в цитоплазме ограничена.
Преодоление ограничения диффузии в клетке происходит за счет активного транспорта по цитоскелету — микротрубочкам или актиновым филаментам. Разрушение актиновых филаментов не ингибирует образование стрессовых гранул, в отличие от нарушения системы микротрубочек. Вызванная действием фармакологических агентов деполимеризация микротрубочек в клетке подавляет образование стрессовых гранул.
Восстановление микротрубочек на фоне окислительного стресса вызывает возникновение в такой клетке стрессовых гранул. Скорее всего, роль микротрубочек в формировании стрессовых гранул заключается в активном транспорте мРНП. Стрессовые гранулы способны перемещаться по клетке, и их движение подавляется при разрушении микротрубочек.
Компоненты стрессовых гранул обмениваются с цитоплазмой, и этот обмен также значительно замедляется после разборки микротрубочек. Таким образом, микротрубочки необходимы для пространственного перемещения компонентов стрессовых гранул поли А -связывающего белка, фактора eIF2, белка TIA-1. Функции стрессовых гранул пока остаются непонятными.
Можно предположить, что роль стрессовых гранул состоит в подавлении трансляции большинства матриц при избирательном отсутствии подавления трансляции определенных мРНК. Так, активно транслирующаяся при стрессе мРНК шаперона Нsp70 не включается в стрессовые гранулы. Синтез в клетках рекомбинантной укороченной формы белка ТIА-1, ингибирующей образование стрессовых гранул, одновременно усиливает трансляцию репортерной мРНК в клетках, подвергнутых стрессу.
Стрессовые гранулы можно представить как «зал ожидания», в котором «пассажиры» - неполные инициаторные комплексы — терпеливо пережидают нелетную погоду. Ее уникальные свойства быть как носителем наследуемой информации, так и возможность образовывать сложные трехмерные структуры, обладающие каталитической активностью, определяют то, что первичной молекулой могла быть РНК. Таким образом, в одной молекуле заложены как генотип, так и фенотип.
Спектр реакций, выполняемых ферментами РНК — рибозимами — очень широк, поэтому в последнее время ведутся очень активные поиски новых рибозимов, способных осуществлять другие типы реакций. Они служат катализаторами при расщеплении и сшивании других молекул РНК. У рибозимов есть интересная особенность: максимум их активности приходится на низкие температуры.
То есть они фактически обеспечивают низкотемпературный катализ. Первые рибозимы, обнаруженные Альтманом и Чеком в 1982-1983 гг, были не особенно эффективны: они лишь разрезали и соединяли отдельные фрагменты целых молекул РНК. Однако дальнейшие исследования продемонстрировали, что эти ферменты могут катализировать и другие реакции.
Джек Шостак, экспериментируя с модифицированными рибозимами, сумел выделить катализатор, способный соединять друг с другом короткие цепочки нуклеотидов. При этом использовалась энергия трифосфатных химических групп — тех самых соединений, которые и сегодня обеспечивают энергией биохимические реакции. Это обстоятельство подтвердило идею, что рибозимы могут функционировать сходным образом с современными белковыми ферментами.
У ряда видов примитивных эукариот Tetrahymena thermophila и др. Такие интроны встречаются также в генах рРНК митохондрий, хлоропластов, дрожжей и грибов, однако они не выявлены в генах позвоночных животных. Изучение процессинга 26S рРНК тетрахимены аналог 28S рРНК высших эукариот , выполненное Чеком и сотрудниками, привело к открытию особого вида сплайсинга, осуществляемого без участия каких-либо белков и получившего название аутосплайсинг сплайсинг типа I.
Таким образом была открыта аутокаталитическая функция РНК и положено начало изучению рибозимов. Таким образом в результате реакции трансэтерификации без дополнительных затрат энергии осуществляется лигирование двух экзонов с образованием зрелой 26S рРНК. Вырезанный интрон затем циклизуется.
Из его состава путем двухэтапного ауторасщепления освобождается фрагмент, содержащий 19 нуклеотидов, в результате чего образуется РНК длиной 376 нуклеотидов L-19 IVS , которая и представляет собой истинный РНК-фермент рибозим , обладающий каталитическими свойствами. Этот рибозим обладает устойчивой структурой, имеет эндонуклеазную активность, расщепляя длинные одноцепочечные РНК. Схема аутосплайсинга у тетрахимены и процесс образования рибозима Оказалось также, что рибозим L-19 IVS помимо нуклеазной обладает invitro нуклеотидилтрансферазной полимеразной активностью и способен катализировать синтез олигонуклеотидов олиго-С.
Рибозимы способны катализировать и некоторые другие химические реакции, характерные для обмена веществ. Сегодня развиваются представления о том, что каталитический потенциал примитивных РНК мог быть существенно расширен за счет присоединения к их молекулам коферментных групп [7]. Дальнейшие исследования этой же группы исследователей показали, что молекулы РНК при столкновении в водной среде могут спонтанно обмениваться частями, то есть, обладают способностью к неэнзиматической рекомбинации. Возможность легкого распространения молекул РНК через среду, в том числе атмосферную, также было продемонстрирована в прямых экспериментах [32, 36, 37]. В теоретическом отношении это открытие в контексте мировой научной концепции о рибозимах "РНК-мир" способствует возможности в корне пересмотреть теорию происхождения жизни на Земле. Смешанные колонии РНК на твёрдых или полутвёрдых носителях могли быть первыми эволюционизирующими бесклеточными ансамблями, где одни молекулы выполняли генетические функции репликацию молекул РНК всего ансамбля , а другие формировали необходимые для успешного существования структуры например, такие, которые адсорбировали нужные вещества из окружающей среды или были рибозимами, ответственными за синтез и подготовку субстратов для синтеза РНК. Эта коммунальная форма существования мира РНК должна была очень быстро эволюционировать. Что же стало с РНК после распада коммуны?
Хотя коммуна распалась, мир РНК сохранился в каждой клетке каждого живого организма. В качестве центрального звена этого процесса биосинтеза белков выступает совокупность взаимодействующих друг с другом молекул РНК различных типов, прежде всего рибосомной РНК, формирующей аппарат белкового синтеза, тРНК, доставляющей в рибосому активированные аминокислоты для построения полипептидных цепей белков, и мРНК, несущей в своей нуклеотидной последовательности программу для синтеза белка. Оказалось, что нкРНК выполняют множество функций с использованием не известных ранее механизмов: нкРНК участвуют в регуляции транскрипции генов, сплайсинге и регуляции деградации РНК. Они вовлечены в трансляцию и её регуляцию, в процессинг и модификацию рибосомной РНК, в защиту от вирусных инфекций и мутагенной активности мобильных генетических элементов, а также в ряд других процессов. РНК явно потеснили белки на пьедестале главных молекул, обеспечивающих жизнедеятельность клеток [16, 25]. Все рассмотренные аргументы подчёркивают важную, если не исключительную, роль РНК в происхождении жизни на земле. Исследования продолжаются. Современная жизнь - это РНК, передавшая часть свих генетических функций рождённому ею же полимеру - ДНК и синтезирующая белки для всеобъемлющего эффективного функционирования содержащих её компонентов - клеток и многоклеточных организмов [27-29].
Необычные древние особенности РНК нашли в последнее время эффективные практические приложения. Так как практически каждая наноколония происходит из одной матричной молекулы, с помощью наноколоний можно обнаружить и идентифировать одиночные молекулы ДНК и РНК, в том числе - с диагностическими целями. В настоящее время наноколонии применяются в нашей стране и за рубежом для различных научных и прикладных задач. Важнейшим направлением исследований является разработка ранней диагностики онколологических заболеваний. В России от разных видов рака умирает около 300 000 человек в год, что представляет большую демографическую, экономическую социальную проблему. Лечение осложняется тем, что у большинства больных болезнь диагностируется уже на поздних стадиях. С развитием экономики проблема может только усугубляться, так как частота онкологических заболеваний растёт по мере ухудшения экологической обстановки и увеличения продолжительности жизни населения. Эффективность лечения рака зависит от своевременности диагностики.
Однако до сих пор проблема ранней диагностики рака не решена. Наноколонии РНК позволяют создать технологию молекулярной диагностики рака на стадии, когда его ещё невозможно обнаружить существующими методами. Диагностировать болезнь предполагается путём обнаружения в клинических образцах например, в крови, в моче или в мокроте молекул определённых индикаторных "маркёрных" РНК, которые присутствуют во всех раковых клетках независимо от вида рака. Примером такого универсального маркёра является мРНК белковой субъединицы теломеразы - фермента, отвечающего за синтез концевых участков хромосом теломер. Эта мРНК присутствует и в нормальных стволовых клетках, которые, подобно раковым клеткам, способны к неограниченному делению. Однако, в отличие от раковых клеток, стволовые клетки находятся в своих нишах и не распространяются по организму. Поэтому присутствие теломеразной мРНК там, где стволовых клеток быть не должно например, в плазме или в клетках крови , может служить указанием на наличие злокачественного процесса. Существуют также РНК, которые могут служить групповыми маркёрами всех видов рака кишечника, или всех видов рака молочной железы, или всех видов рака печени.
Попытки использовать РНК-маркёры для молекулярной диагностики рака были и раньше, но из-за ограниченной чувствительности и недостаточной специфичности стандартной ПЦР полимеразной цепной реакции они закончились неудачей. Следует отметить исключительно высокий потенциал наноколоний для диагностики любых заболеваний, для которых существуют РНК- или ДНК-маркёры, в т. Например, молекула белка в том числе белка-маркёра рака может быть обнаружена путём размножения суррогатной ДНК-мишени, образованной лигированием фрагментов ДНК, способных одновременно связываться с данной молекулой белка посредством специфических лигандов например, антител. Подобным же образом с помощью наноколоний можно обнаружить одиночные молекулы любого вещества например, наркотика или допинга , достаточно сложные для формирования на своей поверхности, по крайней мере, двух участков специфического связывания лигандов [16]. В помощь антибиотикам Важнейшей проблемой современности является быстрая эволюция бактерий в направлении приобретения устойчивости к антибиотикам, приводящая к возрождению многих заболеваний человека. Профессор Йельского университета США Сидни Альтман, продолжая исследования в области каталитической способности РНК, стал разрабатывать способы борьбы с инфекционными заболеваниями антибактериальная и антималярийная терапия , используя каталитические способности конкретного РНК-фермента - рибонуклеазы Р. Конечная цель - создать препарат, который мог бы быть альтернативой в случае устойчивости инфекции к антибиотикам. На конкретных объектах исследований разрабатываются фундаментальные основы подходов, которые могли бы быть общими для лечения многих инфекционных заболеваний.
В перспективе синтезировать определённые соединения, которые могут быть легко модифицированы для борьбы, как с бактериями, так и с малярией. Это направление исследований представляет перспективную альтернативу применению в медицине антибиотиков, возможности которых стремительно тают. Сидни Альтман разрабатывает это важнейшее направление, в частности, совместно с Институтом химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН г. Новосибирск [6]. Как зарождались знания, составляющие основу практического применения теорий и методов молекулярной биологии РНК Лауреат Нобелевской премии за открытие рибозимных свойств РНК Сидни Альтман Олтмен, 1939 г. Заняться молекулярной биологией начинающему учёному Альтману посоветовал русский физик Георгий Гамов. Он понял, что структуры белков, состоящих из 20 основных природных аминокислот - должна быть зашифрована в последовательности из четырёх возможных нуклеотидов, входящих в состав молекулы ДНК. Исходя из простых арифметических соображений, Гамов показал, что при сочетании 4-ёх нуклеотидов тройками получается 64 различные комбинации, чего вполне достаточно для записи наследственной информации.
Таким образом, он был первым, кто предложил кодирование аминокислотных остатков триплетами нуклеотидов [17]. Практически генетический код позволил расшифровать метод бесклеточной системы синтеза белка in vitro. Первые результаты в этом направлении были получены в 1961 году, когда М. Ниренберг и Х. Матеи синтезировали упрощённую форму мРНК, состоящую из одинаковых нуклеотидов и обнаружили, что в её присутствии происходит образование длинной цепи белковоподобной молекулы, состоящей из аминокислот одного-единственного вида. Искусственная мРНК представляла собой полинуклеотид поли-У, в котором все нуклеотиды содержали только одно основание - урацил. Когда поли-У добавляли к экстракту из клеток бактерии E. Так было обнаружено, что кодон УУУ соответствует фенилаланину.
Этот первый успех указал путь, следуя которому в скором времени удалось установить кодоны и для ряда других аминокислот; требовалось только перепробовать различные формы синтетических мРНК. Тогда возник вопрос, каким образом некоторые синтетические мРНК, например поли-У, которые, конечно, не содержат таких кодонов, ухитряются как-то заставлять рибосомы синтезировать полипептиды? Вероятно, это происходит по ошибке - из-за того, что рибосомы ведут себя «не по инструкции». Следовательно - ирония судьбы! Каковы же те обстоятельства, которые приводят к тому, что эти системы совершают «нужные» ошибки? Один из факторов был вскоре найден. Им оказалась высокая концентрация магния в бесклеточных системах. Каким образом магний инициирует синтез?
На этот вопрос нет однозначного ответа [25]. О различии молекулярных механизмов формирования морозоутойчивости озимой мягкой пшеницы и озимого ячменя Итак, концентрация магния. Установлено, чем больше содержится магния в рРНК, тем активнее синтезируют белок полифенилаланин рибосомы зародышей пшеницы в бесклеточной системе синтеза белка in vitro на искусственной матрице поли-У [42]. Вполне возможно, что концентрация катионов магния в клетке определяет интенсивность синтеза «ошибочных» полипептидов, предположительно расширяющих адаптационные свойства организмов [19, 20, 21, 25].
Изобретая телескопы и усиливая мощность микроскопов, ученые намеревались расшифровать все тайны: земные и небесные, видимые и невидимые; но оказалось, что Творец Космоса и Микрокосмоса предусмотрел замыслы мудрецов «последних веков» и приготовил для них тайны и загадки, о которых они и не воображали, открыв им еще более «великое и для них недосягаемое... Благодаря микроскопу выяснилось, что в нашей крови живут микроорганизмы, которые плодятся, растут, питаются и т. Одни из этих микроорганизмов полезны и необходимы для нашего здоровья, а другие — таят в себе смертную для нас опасность. В некоторых городах Америки, при естественно-исторических музеях есть так называемые «Микровиварии», в которых можно наблюдать жизнь микроорганизмов, рельефно отображенных в капле воды, находящейся под мощным микроскопом. Следя внимательно за движениями всех обитателей капли воды и видя, как эти хоботообразные, улиткообразные, черепахообразные, безобразные и безобразные существа мечутся, снуют, пожирают друг друга и наслаждаются жизнью, можно забыть о том, что все это происходит в капле воды, а не в океане.
Ученые поражаются, насколько некоторые микроорганизмы могут быть живучи. Одни из них, открытые Пастером, способны жить в атмосфере, лишенной кислорода, другие — выдерживают действие самых ядовитых веществ, как-то: серной кислоты, сулемы и самых едких щелочей. Кто дал этим невидимым нами существам жизнь и снабдил эту жизнь такими исключительными свойствами? Если вы, читатель, не верите в чудеса на том основании, что все сверхъестественное противоречит законам природы или является нарушением этих законов; если вы вообще не верите во все то, «чего не видите, не понимаете, не можете объяснить», то объясните мне наличие в природе таких живучих микроорганизмов? Ученые отрицают чудеса, забывая о том, что весь мир видимый, Макрокосмос и Микрокосмос и все, что их наполняет — это сплошное чудо! Наука не признает возможности чуда, потому что сферой ее деятельности являются вещи исключительно материальные, видимые, осязаемые, объяснимые естественным путем. Но, если наука занимается только вещами, движущимися в пространстве, находящимися в природе, тогда такие отрасли науки, как психология или социология не имеют права называться науками, потому что их предмет не может быть проверен в лабораторных стеклянных пробирках.
Часть пятая: так как же всё-таки создать клетку?
К началу 2000-х годов ученые выделили две ведущие идеи о том, как могла появиться жизнь. Сторонники «РНК-мира» были убеждены, что жизнь началась с самовоспроизводящейся молекулы. В то же время ученые в лагере «сначала метаболизм» считают, что жизнь могла появиться в гидротермальных жерлах на дне океана. И все же на передний план вышла третья идея. Каждое живое существо на Земле состоит из клеток. Каждая клетка — это по сути мягкий шарик, мешочек, с жесткой внешней стенкой, или «мембраной». Задача клетки — удерживать все предметы первой необходимости вместе. Если наружная стенка порвется, внутренности выльются наружу и клетка умрет — так же, как и выпотрошенный человек.
Человечество изменило сушу до неузнаваемости. Но что насчет воды? Наружная стенка клетки настолько важна, что некоторые исследователи происхождения жизни даже считают, что она появилась прежде всего. Они считают, что подходы «сперва генетика», который мы обсудили во второй части, и «сперва метаболизм», который мы обсудили в четвертой части, ошибочны. Все живые предметы состоят из клеток Идея Луизи проста, и с ней трудно спорить. Каким образом вы собрались создавать рабочую метаболическую систему или самовоспроизводящуюся РНК, каждый из которых опирается на наличие большого количества химических веществ в одном месте, если вы сначала не сделаете контейнер, который удерживает все молекулы вместе. Если вы с этим согласны, есть только один способ, с которого могла начаться жизнь. Каким-то образом, в жаре и буре ранней Земли, неколько сырых материалов сложились в грубые клетки, или «протоклетки».
Осталось только повторить это в лаборатории: создать простую живую клетку. Идеи Луизи можно проследить аж до Александра Опарина и рассвета науки о происхождении жизни в СССР, которых мы обсудили в первой части. Опарин подчеркнул тот факт, что некоторые химические вещества образуют сгустки — коацерваты — которые могут держать другие вещества внутри. Он предположил, что коацерваты были первыми протоклетками. Любое жирное или маслянистое вещество будет образовывать сгустки или пленки в воде. Эти химические вещества известны в общем как липиды. Соответственно, гипотезу о том, что с них начала жизнь, назвали «липидным миром». Но просто сформировать сгустки недостаточно.
Они должны быть стабильными, уметь делиться на «дочерние» сгустки и хоть немного контролировать, что проходит внутрь и выходи наружу — и все это без сложных белков, которые используют современные клетки для этих задач. Появилась задача собрать такие протоклетки из всего необходимого материала. Несмотря на множество попыток за много лет, Луизи так и не сделал ничего хоть мало-мальски убедительного. И тогда, в 1994 году, он осмелился сделать дерзкое предположение. Он предположил, что первые протоклетки должны были содержать РНК. Более того, эта РНК должна была уметь воспроизводиться внутри протоклетки. Как-то клетка все же появилась И вот, его гипотеза стала очень сложной и отошла от чистого подхода «сперва компартментализация». Но у Луизи были веские доводы.
Клетка с внешними стенками, но без внутренностей, мало что может. Возможно, она могла бы делиться на дочерние клетки, но не передавала бы никакой информации о себе потомству. Она могла начать развиваться и становиться более сложной только при наличии некоторых генов. Вскоре эта идея обрела сильного сторонника в лице Джека Шостака, работу которого на тему «мира РНК» мы изучили в третьей части. Луизи был членом лагеря «сперва компартментализация», Шостак поддерживал «сперва генетику», и много лет они не встречались с глазу на глаз. Почти вся жизнь одноклеточная «Мы встречались на собраниях на тему происхождения жизни и затевали эти длинные дискуссии на тему того, что было важнее и что пришло первым», вспоминает Шостак. Мы пришли к общему мнению, что для возникновения жизни важно иметь и компартментализацию, и генетическую систему». В 2001 году Шостак и Луизи изложили свое видение этого единого подхода.
В работе, опубликованной в Natire, они заявили, что должно быть возможность создать простую живую клетку с нуля, разместив реплицирующуюся РНК в обычной капле жира. Очень скоро Шостак решил полностью посвятить себя ей. Рассудив, что «мы не можем излагать эту теорию, ничем ее не подкрепив», он решил начать экспериментировать с протоклетками. Спустя два года Шостак и двое его коллег объявили о большом успехе. Везикулы — это простые контейнеры, состоящие из липидов Они экспериментировали с везикулами: сферическими каплями с двумя слоями жирных кислот на внешней стороне и центральным жидким ядром. Пытаясь найти способ ускорить создание везикул, они добавили малые частички глины под названием монтмориллонит. Везикулы начали формироваться в 100 раз быстрее. Поверхность глины выступили катализатором, как некий фермент.
Более того, везикулы могли поглощать как частицы монтморрилонита, так и цепи РНК с поверхности глины. Теперь эти протоклетки уже содержали гены и катализатор, и все из одной простой добавки. Решение добавить монтмориллонит было принято не просто так. За несколько десятилетий много работ предположили, что монтмориллонит и подобные ему глины могли иметь важное значение для происхождения жизни. Кусок монтмориллонита Монтмориллонит — это обычная глина. В настоящее время она используется для самых разных дел, из нее даже кошачий наполнитель делают. Образуется она, когда вулканический пепел расщепляется погодой. Поскольку ранняя Земля изобиловала вулканами, кажется вероятным, что на ней было и много монтмориллонита.
Еще в 1986 году химик Джеймс Феррис показал, что монтмориллонит выступает катализатором, который помогает формироваться органическим молекулам. Позже он обнаружил, что глина также ускоряет формирование малых РНК. Заходите в наш специальный Telegram-чат. Там всегда есть с кем обсудить новости из мира высоких технологий. И тогда Феррис предположил, что эта невзрачная глина могла быть местом зарождения жизни. Шостак принял эту идею и включил ее в работу, используя монтмориллонит для строительства своих протоклеток. Годом спустя Шостак обнаружил, что его протоклетки могут расти сами по себе. Чем больше молекул РНК оказывалось в протоклетке, тем выше было давление на наружную стенку.
Похоже, желудок протоклетки был забит и она была готова сходить по-большому. Чтобы компенсировать это, протоклетка приняла больше жирных кислот и включила их в стенки, благодаря чему раздулась еще больше и ослабила напряжение. Что важно, она взяла жирные кислоты из других протоклеток, в которых было меньше РНК, заставив их сократиться. Будто бы протоклетки соперничали и та, у которой было больше РНК, побеждала. Но если протоклетки могут расти, может они и делиться могут? Сможет ли протоклетка Шостака воспроизвести себя? Клетки делятся на два Первые эксперименты Шостака показали, что способ деления протоклеток действительно есть. Если сжать ее в небольшом отверстии и вытянуть в трубочку, протоклетка разрывается, формируя «дочерние» протоклетки.
Эта идея была неплохой, потому что в ней не участвовал никакой клеточный механизм: просто давление. Но такое решение было не самым лучшим, поскольку протоклетки теряли часть содержимого в этом процессе. Это также означало, что первые клетки могли делиться лишь проталкиваясь через крошечные отверстия. Существует множество способов заставить везикулы делиться. Например, можно добавить сильный поток воды. Осталось только заставить протоклетки делиться и не терять кишки. В 2009 году Шостак и его студент Тинг Чжу нашли решение. Они сделали немного более сложные протоклетки с наружными стенками в несколько слоев, напоминающие слои лука.
Несмотря на такую сложность, эти протоклетки все еще было просто создать. Когда Чжу кормил их жирными кислотами, протоклетки росли и меняли форму, вытягиваясь в длинные канатоподобные цепочки. После того, как протоклетка становилась достаточно длинной, легкой приложенной силы достаточно, чтобы разбить ее на десятки мелких дочерних протоклеток. Более того, протоклетки могли повторять цикл постоянно, дочерние протоклетки росли и делились. Эту часть проблему, похоже, решили. В последующих экспериментах Чжу и Шостак нашли еще больше способов заставить протоклетки делиться. Но все равно протоклеткам многого недоставало. Чтобы показать, что его протоклетки могли быть первой жизнью на Земле, Шостаку нужно было заставить РНК внутри них воспроизводиться.
В будущем мир ожидает спад рождаемости. Что это значит для человечества? Это было нелегко, поскольку, несмотря на десятилетия попыток — изложенных в третьей части, — никто так и не смог заставить РНК самовоспроизводиться. Эта же проблема загнала Шостака в угол в ходе его первых работ над «миром РНК», и никому другому не удалось ее решить. Поэтому он вернулся и перечитал работу Лесли Оргела, который так долго работал над гипотезой РНК-мира. В этих пыльных бумагах обнаружились ценные подсказки. Оргел провел много времени с 1970-х по 1980-е, изучая копирование цепей РНК. Первая клетка должна была вмещать химию жизни По сути все просто.
Возьмите одну цепь РНК и набор свободных нуклеотидов. Затем, используя эти нуклеотиды, соберите вторую цепь РНК, комплементарную первой. Сделав это дважды, вы получите копию оригинальной «CGC», только окольным путем. Оргел обнаружил, что при определенных обстоятельствах цепи РНК могут копироваться таким образом без какой-либо помощи ферментов. Возможно, именно так первая жизнь создала копии своих генов. К 1987 году Оргел мог взять цепь РНК длиной в 14 нуклеотидов и создать дополняющие цепи длиной тоже в 14 нуклеотидов. Больше ему сделать не удалось, но этого было достаточно, чтобы заинтриговать Шостака. Его ученица Катажина Адамала попыталась запустить такую реакцию в протоклетках.
Они обнаружили, что для работы такой реакции нужен магний. Но магний уничтожил протоклетки. Впрочем было и простое решение: цитрат, который почти идентичен лимонной кислоте и который присутствует во всех живых клетках. В исследовании, опубликованном в 2013 году, они добавили цитрат и обнаружили, что тот обволок магний, защищая протоклетки и позволяя шаблону продолжать копироваться. Другими словами, им удалось сделать то, что Луизи предлагал в 1994 году. Протоклетки Шостака могут жить в сильном тепле Всего за десять лет исследований команде Шостака удалось совершить невероятное. Они создали протоклетки, которые сохраняют свои гены, при этом забирая полезные молекулы снаружи. Эти протоклетки могут расти и делиться и даже соперничать между собой.
РНК может воспроизводиться внутри них. С какой стороны ни посмотри, они были похожи на первую жизнь. Как собаки понимают человеческий язык? Еще они были весьма устойчивыми. В 2008 году группа Шостака обнаружила, что эти протоклетки могут переживать нагрев до 100 градусов по Цельсию, температуры, которая уничтожает большинство современных клеток. Следовательно, эти протоклетки были похожи на первую жизнь, которая должна была переживать сильное тепло от постоянных ударов метеоритов. Тем не менее, на первый взгляд, подход Шостака идет вразрез с 40 годами исследований происхождения жизни. Вместо того чтобы озадачиться «сперва воспроизводством» или «сперва компартментализацией», он решил делать оба дела сразу.
Молекулы жизни ведут себя крайне сложно Это открывает путь к новому подходу к поиску происхождения жизни — единому, объединенному, унифицированному подходу. Он должен охватить все функции первой жизни сразу и одновременно. Эта гипотеза «сперва всё» уже насобирала достаточно свидетельств и может решить все проблемы существующих идей. Часть шестая: великое объединение На протяжении второй половины 20-го века исследователи происхождения жизни работали каждые в своем лагере. Каждая группа настаивала на собственной версии развития событий и старалась уничтожить конкурирующие гипотезы. Такой подход был безусловно успешным, о чем свидетельствуют предыдущие главы, но каждая перспективная идея о происхождении жизни в конечном счете наталкивалась на серьезную проблему. Так что некоторые исследователи сейчас пытаются найти более единый подход. Несколько лет назад эта идея получила мощный толчок, благодаря результату, поддерживающему устоявшуюся теорию «мира РНК».
К 2009 году у сторонников мира РНК была большая проблема. Они не могли сделать нуклеотиды, строительные блоки РНК, как если бы это происходило в условиях ранней Земли. Это и привело людей к мысли, что первая жизнь вовсе не была построена на РНК, как мы выяснили в третьей части. Земля — единственное место, где есть жизнь. Пока Джон Сазерленд думал об этой проблеме с 1980-х. Большинство научно-исследовательских институтов заставляют своих сотрудников постоянно генерировать новые работы, но LMB нет. Поэтому Сазерленд мог хорошенько обдумать, почему сделать нуклеотид РНК так сложно, и провел годы, разрабатывая альтернативный подход. Его решение привело его к совершенно новой идее о происхождении жизни: все ключевые компоненты жизни могли сформироваться одновременно.
Каждый нуклеотид РНК состоит из сахара, основания и фосфата. Но заставить сахар и основание соединиться оказалось невозможно. Молекулы просто не той формы. Поэтому Сазерленд начал пробовать совершенно другие вещества. В конечном счете его команда пришла к пяти простым молекулам, включая другой сахар и цианамид, родственный цианиду. Эти химические вещества пропустили через цепочку реакций и в конечном итоге сделали два из четырех нуклеотидов РНК, не делая отдельные сахара или основания. Это был ослепительный успех, который сделал Сазерленду имя. Многие наблюдатели интерпретировали эти результаты как еще одно доказательство в пользу мира РНК.
Но сам Сазерленд так не считал. Но Сазерленд говорит, что это безнадежно оптимистично. Он считает, что РНК принимала важное участие, но на ней все клином не сходилось. Вместо этого он вдохновился одной из последних работ Шостака, которая как мы выяснили в пятой части совмещала РНК-мир «сперва воспроизводства» с идеями «сперва компартментализации» Пьера Луиджи Луизи. Сазерленд пошел еще дальше. Его подход представлял собой «сперва всё». Он хотел, чтобы цельная клетка собралась сама по себе с нуля. К этому его привела странная деталь в его синтезе нуклеотидов, которая сначала казалась случайной.
Жизни нужна жирная смесь веществ Последним шагом в процессе Сазерленда было забросить фосфат в нуклеотид. Однако он выяснил, что лучше всего было включать фосфат в смесь с самого начала, поскольку он ускорял первые реакции. Казалось, что включение фосфата до того, как он понадобится на самом деле, было слегка «грязноватым» действием, но Сазерленд выяснил, что этот хаос — это хорошо. И так он задумался о том, насколько беспорядочными должны быть смеси. Во времена ранней Земли должны были существовать десятки или сотни химических веществ, плавающих вместе. Рецепт шлама? Но беспорядок может быть важным условием. Смеси, которые Стэнли Миллер приготовил в 1950-х годах, о которых мы говорили в первой части, были куда грязнее сазерлендовых.
Они включали биологические молекулы, но Сазерленд говорит, что они «были в небольших количествах и сопровождались огромным количеством других, не биологических соединений». Что происходит с человеком после переедания? Сазерленд считал, что подход Миллера был недостаточно хорош. Он был слишком грязным, поэтому хорошие химические вещества просто терялись в смеси. Поэтому Сазерленд вознамерился найти «химию Златовласки»: не слишком грязную, чтобы стать бесполезной, но и не слишком простую, чтобы быть ограниченной в возможностях. Получить достаточно сложную смесь — и все компоненты жизни смогут сформироваться одновременно и найти друг друга. Другими словами, четыре миллиарда лет назад на Земле был пруд. Он существовал годами, пока в нем не собрались нужные химические вещества.
Затем, возможно, за какие-нибудь пару минут появилась первая клетка. Горстки химвеществ недостаточно для жизни Это может показаться совершенно неправдоподобным, словно заявления средневековых алхимиков. Но у Сазерленда только прибавляется доказательств. В 2009 году он показал, что та же химия, которая позволила собрать два его нуклеотида РНК, также может создавать многие другие молекулы жизни. Очевидным следующим шагом было сделать больше нуклеотидов РНК. Пока этого сделать не удалось, но в 2010 году он собрал тесно связанные молекулы, которые потенциально могут превратиться в нуклеотиды. Точно так же, в 2013 году он сделал прекурсоры аминокислот. На этот раз ему пришлось добавить цианид меди, чтобы заставить реакцию протекать.
Связанные с цианидом химические вещества оказались общей темой, и в 2015 году Сазерленд сделал с ними еще больше. Он показал, что в том же горшке с химическими веществами могут появиться и прекурсоры липидов, молекул, из которых состоят стенки клеток. Все эти реакции полагались на ультрафиолетовый свет, включали серу и медь как катализатор. Жизни нужен настоящий рог изобилия химвеществ «Все строительные блоки вышли из общего ядра химических реакций», говорит Шостак. Если Сазерленд прав, то весь наш подход к происхождению жизни за последние 40 лет был в корне неверным. С тех пор, как стала очевидной сложность клетки, ученые начали работать с предположением, что первые клетки должны были собираться постепенно, по частям. Вслед за предложением Лесли Оргела о том, что сначала появилась РНК, ученые пытались «поставить одно перед другим, а потом как-то получить порядок», говорит Сазерленд. Но он думает, что лучше всего — сделать все и сразу.
Шостак теперь подозревает, что большинство попыток сделать молекулы жизни и собрать их в живые клетки провалились по одной причине: эксперименты были слишком чистыми. На каких животных охотились собаки 1000 лет назад? Ученые использовали несколько химических веществ, которые были им интересны, и оставляли все прочие, которые тоже, вероятно, присутствовали на ранней Земле. Но работа Сазерленда показала, что добавляя больше химических вещей в смесь, можно создать больше сложных явлений. Шостак и сам столкнулся с этим в 2005 году, когда пытался разместить фермент РНК в своих протоклетках. Ферменту нужен был магний, который уничтожал мембраны протоклеток. Решение оказалось на удивление простым. Вместо того чтобы делать везикулы из одной только жирной кислоты, их сделали из смеси обоих веществ.
Новые, «грязные» везикулы справлялись с магнием и могли размещать работающие ферменты РНК. Более того, Шостак говорит, что первые гены тоже могли включать беспорядок.
Гипотеза РНК-мира для ЕГЭ по биологии
Ученые Брукхейвенской национальной лаборатории обнаружили новые доказательства гипотезы РНК-мира. и, возможно, единственной - формой жизни до появления первой ДНК- клетки. Ученые из Брукхейвенской национальной лаборатории провели исследования, которые проливают свет на гипотезу РНК-мира.
Подписка на дайджест
- Решена главная проблема появления жизни на Земле
- Подписка на дайджест
- Моделирование происхождения жизни: Новые доказательства существования "мира РНК"
- Ученые описали, как появилась РНК
- Многообещающая, даже фундаментальная работа
- Жизнь начиналась с РНК