ПЦР или, иначе, полимеразная цепная реакция – это современный высокоинформативный метод молекулярно-генетической диагностики, активно применяемый для выявления у человека различных инфекционных и наследственных заболеваний.
Полимеразная цепная реакция (ПЦР) диагностика: что это такое
– Тест ПЦР (полимеразная цепная реакция), наоборот, показан в первые дни заболевания, поскольку по мере дальнейшего течения инфекции чувствительность этого метода снижается – вирус уже перестает выделяться из верхних отделов дыхательных путей. Метод полимеразной цепной реакции (ПЦР) является более точным способом выявления инфекции Covid-19. По словам чиновника, ПЦР, или полимеразная цепная реакция, является самым точным методом молекулярно-генетической диагностики, который позволяет определить присутствие в организме вируса Covid-19.
О рекомендациях, как подготовиться к сдаче ПЦР-теста на COVID-19
Есть просто ПЦР-тест на вирусную РНК, есть тест на антитела к вирусу. Надо знать марку, вид теста, компанию-производителя теста и на какой день заболевания проводилось тестирование. Тест на основе полимеразной цепной реакции – один из самых чувствительных инструментов лабораторной диагностики. это когда тестируется полимеразная цепная реакция. Чаще всего ПЦР-тест показывает ложноположительный результат из-за наличия в носу или ротоглотке фрагментов уже погибшего вируса, рассказал в интервью Лайфу доктор медицинских наук, практикующий врач, профессор Антон Ершов. Антитела к одному возбудителю могут отличаются между собой по срокам появления: IgM – острый период заболевания; IgG –хронический процесс, или реакция на прививку. какова специфичность каждого метода: ПЦР: высокоспецифичен. Российско-японские тесты основаны на методе изотермальной молекулярной диагностики SmartAmp, превосходящем метод ПЦР по скорости работы в восемь раз, а переносная лаборатория позволяет тестировать до 20 пациентов в час, говорит Гусев.
ПЦР диагностика: что это такое
Через три недели после начала заражения две трети проверок дали отрицательный результат. Таким образом, это может быть оптимальным временем для тестирования, если цель — минимизировать ложноотрицательные результаты», — сообщили авторы исследования. Конечно, далеко не все больные точно знают, когда подхватили вирус, зато назвать момент первых признаков недомогания может почти каждый. Впрочем, сами авторы подчеркивают, что вероятность получить ложный ответ есть в любой день.
Например, у некоторых людей за счет индивидуальных особенностей почему-то снижена вероятность выделения SARS-Cov-2.
Температура отжига зависит от состава праймеров и обычно выбирается на 5 градусов меньше, чем температура плавления праймеров. Неправильный выбор температуры отжига приводит либо к плохому связыванию праймеров с матрицей при завышенной температуре , либо к связыванию в неверном месте и появлению неспецифических продуктов при заниженной температуре.
Время стадии отжига — 30 секунд [ источник не указан 805 дней ], одновременно, за это время полимераза уже успевает синтезировать несколько сотен нуклеотидов. Элонгация[ править править код ] ДНК-полимераза реплицирует матричную цепь, используя праймер в качестве затравки. Это — стадия элонгации.
Температура элонгации зависит от полимеразы. Время элонгации зависит как от типа ДНК-полимеразы, так и от длины амплифицируемого фрагмента. Обычно время элонгации принимают равным одной минуте на каждую тысячу пар оснований.
После окончания всех циклов часто проводят дополнительную стадию финальной элонгации, чтобы достроить все одноцепочечные фрагменты. Эта стадия длится 7—10 минут. Количество специфического продукта реакции ограниченного праймерами теоретически возрастает пропорционально 2n — 2n, где n — число циклов реакции [15].
Число «длинных» копий ДНК тоже растёт, но линейно, поэтому в продуктах реакции доминирует специфический фрагмент. Рост требуемого продукта в геометрической прогрессии ограничен количеством реагентов, присутствием ингибиторов , образованием побочных продуктов.
Метод ПЦР используется в нескольких вариантах.
Наиболее часто используемый тип сегодня - это так называемый ПЦР в реальном времени. Генетический материал вируса SARS-CoV-2 обнаруживается в мазке, взятом из дыхательных путей чаще всего из носоглотки или одновременно из горла и слизистой оболочки носа. Затем в лабораторных условиях образец размножается и анализируется.
ПЦР - более чувствительный тест, чем исследование на антиген, поскольку он может обнаружить одну молекулу РНК в микролитрах раствора. В настоящее время это золотой стандарт диагностики коронавируса.
В урологической и гинекологической практике - для выявления хламидиоза, уреаплазмоза, гонореи, герпеса, гарднереллёза, микоплазменной инфекции, ВПЧ - вирусов папилломы человека; в пульмонологии - для дифференциальной диагностики вирусных и бактериальных пневмоний, туберкулёза; в гастроэнтерологии - для выявления хеликобактериоза; в клинике инфекционных заболеваний - в качестве экспресс-метода диагностики сальмонеллёза, дифтерии, вирусных гепатитов В, С и G; в гематологии - для выявления цитомегаловирусной инфекции, онковирусов. Специфичность ПЦР основана на образовании комплементарных комплексов между матрицей и праймерами - короткими синтетическими олигонуклеотидами длиной 18 - 30 букв. Каждый из праймеров сопоставим комплементарен с одной из цепей двуцепочечной матрицы, обрамляя начало и конец амплифицируемого участка. После соединения гибридизации матрицы с праймером отжиг , последний служит затравкой для ДНК-полимеразы при синтезе комплементарной цепи матрицы. Чтобы избежать испарения реакционной смеси, в пробирку добавляют высококипящее масло, например, вазелиновое.
Добавление специфичеких ферментов может увеличить выход ПЦР-реакции. Ход реакции Обычно при проведении ПЦР выполняется 20 - 35 циклов, каждый из которых состоит из трех стадий. Эта стадия называется денатурацией — разрушаются водородные связи между двумя цепями. Иногда перед первым циклом проводят предварительный прогрев реакционной смеси в течение 2 - 5 минут для полной денатурации матрицы и праймеров. Когда цепи разошлись, температуру понижают, чтобы праймеры могли связаться с одноцепочечной матрицей. Эта стадия называется отжигом. Время стадии — 0,5 - 2 минут.
ДНК-полимераза реплицирует матричную цепь, используя праймер в качестве затравки. Это — стадия элонгации. Температура элонгации зависит от полимеразы. Время элонгации зависит как от типа ДНК-полимеразы, так и от длины амплифицируемого фрагмента. Обычно время элонгации принимают равным одной минуте на каждую тысячу пар оснований.
В России появился новый вид ПЦР-теста
Процедура забора образцов слизистой, которую требует ПЦР тест на коронавирус, может быть неприятной, но важно, что она не занимает более нескольких десятков секунд, а её результат показывает заражён человек в действительности или нет. Тест на основе полимеразной цепной реакции – один из самых чувствительных инструментов лабораторной диагностики. ПЦР или полимеразная цепная реакция является золотым стандартом в диагностике многих инфекций. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) — экспериментальный метод молекулярной биологии, способ значительного увеличения малых концентраций определённых фрагментов нуклеиновой кислоты (ДНК) в биологическом материале (пробе). это метод диагностики, широко применяемый в современной медицине.
Что такое ПЦР-анализ: как его сдают, как готовиться и для чего он нужен
ПЦР-тест представляет собой наиболее эффективный метод тестирования при диагностике вирусных инфекций. полимеразная цепная реакция. Иммунолог объяснил, почему ПЦР-тесты дают ошибочный результат. это когда тестируется полимеразная цепная реакция.
Что такое ПЦР-анализ: как его сдают, как готовиться и для чего он нужен
Полимеразная цепная реакция проводится качественно и количественно. — Это равнозначный ПЦР-тесту анализ, который помогает определить, есть ли на данном этапе в организме человека коронавирус. ПЦР-тест, в отличие от экспресс-теста, может выявить коронавирус на ранней стадии заболевания. О сервисе Прессе Авторские права Связаться с нами Авторам Рекламодателям Разработчикам Условия использования Конфиденциальность Правила и безопасность Как работает YouTube Тестирование новых функций.
Диагностика инфекций методом ПЦР: что это такое?
H-Clinic: — Экспресс-тест выполняется в течение 15 минут. Если вам подходит этот вариант, то можете его сдать. Если для себя либо работодатель у вас принимает данный тест, то можете экспресс-методом сдать. Проблема в том, что вирус вообще может не попасть в образец — либо потому, что в этом конкретном месте вашей носоглотки его не было, либо потому, что человек находится в инкубационном периоде и болезнь еще не стала выявляемой. Тем не менее ПЦР остается золотым стандартом диагностики, поэтому именно на него полагаются власти, объясняет основатель лаборатории ДНКОМ Андрей Исаев: Андрей Исаев основатель лаборатории ДНКОМ «Если мы делаем ПЦР, то мы ищем генетический материал возбудителя, многократно размножаем копии таким образом, что можем зафиксировать его точно из-за того, что у нас уже этих копий миллионы. Вот экспресс-тесты — там на специальной тест-полоске нанесен реагент, который цвет меняет при взаимодействии с белками, которые специфичны для коронавируса. Для экспрессов оборудование не нужно, но на этом его преимущества заканчиваются.
Поэтому ПЦР-анализ часто используют в криминалистике. Зато он с большой вероятностью займёт верхние дыхательные пути, что позволит найти его на слизистых оболочках носоглотки и зёва.
Именно по ним медик проводит длинной «ватной палочкой», собирая материал. Изнутри носоглотка и ротоглотка выстланы эпителием — слизистым покровом, клетки которого часто меняются. Снимает их заглатываемая пища и напитки. Это может помешать проведению ПЦР-теста. Поэтому за 4 часа до его начала нужно отказаться от еды и воды. Их недавнее употребление нередко приводит к ложноотрицательному результату из-за слущивания эпителия, где успел размножиться коронавирус. Чистка зубов и ополаскивание рта тоже под 4-часовым запретом.
Для того, чтоб анализ стал положительным, достаточно одной молекулы ДНК или РНК патогенного микроорганизма в собранном диагностическом материале. Для многих ранних аппаратов существует технологический порог чувствительности в 40 микробных тел.
Но, как правило, если человек действительно заражен той или иной венерической болезнью или ЗППП, то у него возбудителей в пробах бывает больше этого числа и анализ будет положительный. Отрицательный результат По большому счету, такой вариант возможен в двух случаях: человек не заражен или неправильно собран диагностический материал. Конечно, нельзя исключать, что концентрация возбудителей в исследуемой пробе может оказаться ниже, чем порог чувствительности аппарата. Но такая ситуация встречается крайне редко, и если у доктора есть сомнения, то анализ всегда можно повторить спустя некоторое время. Если результаты диагностики ПЦР останутся отрицательными, то человек здоров. В противном случае, при получении вторых анализов положительными, это значит, что пациент заражен и необходимо начинать его лечение. Расшифровывать результаты ПЦР анализа должен лечащий врач Расшифровывать результаты ПЦР анализа должен лечащий врач, которому известен ход лечения. Идеально, чтоб это был тот же специалист, который проводит сбор диагностического материала для проведения исследования, может наблюдать пациента и отслеживать все изменения в здоровье человека. К сожалению, клиническое течение современных венерических заболеваний и инфекций сильно отличается от классического.
В таких случаях даже результаты анализов ПЦР необходимо подкреплять данными других исследований: микроскопия мазка отделяемого половых органов, из уретры серологические реакции крови на антитела к определенным возбудителям ИФА, РПГА и другие культуральный посев Ситуации, когда данные разных методик противоречат друг другу, встречаются, к счастью, не часто. Такое бывает в конце лечения пациента, когда патогенные микроорганизмы уже уничтожены и в организме человека их нет.
Российско-японские тесты основаны на методе изотермальной молекулярной диагностики SmartAmp, превосходящем метод ПЦР по скорости работы в восемь раз, а переносная лаборатория позволяет тестировать до 20 пациентов в час, говорит Гусев.
Данные системы определяют антитела, которые организм начинает вырабатывать не ранее, чем через неделю после заражения. Кроме того, тест EMG позволяет определить наличие вируса уже на самых ранних стадиях, в то время как другие системы диагностики короновируса обладают меньшей чувствительностью и не могут выявлять вирус на ранней стадии инфицирования. Принцип технологии российско-японского теста, по сути, не отличается от классической ПЦР — это наращивание количества целевых фрагментов ДНК и их детекция.
Однако в изотермической амплификации, в отличие от классической ПЦР, где необходимы циклы нагрева и охлаждения, все происходит при одной температуре. Это позволяет многократно увеличивать скорость реакции. Впервые для инфекционных заболеваний эту технологию применили в 2009 году для быстрого выявления пандемического гриппа H1N1 в Японии.
Повторные тесты необходимы при любом методе. Отрицательный тест на COVID-19 не гарантирует, что человек не заразится этим вирусом на следующий день. Поэтому, например, в японских лабораториях персонал тестируют каждые несколько дней.
Повторный тест нужен и для того, чтобы подтвердить, что человек излечился. Власти Москвы закупили 100 тыс. Запуск тестирования запланирован сразу после получения наборов.
Первоочередное внимание будет направлено на стационары, где находятся люди, которые действительно нуждаются в помощи. На данный момент в России прошли регистрацию еще три теста на коронавирус. Создание теста началось 31 января, регистрационное удостоверение Росздравнадзор выдал 6 марта, а 27 марта центр заявил, что начал серийное производство тест-систем в Москве.
Предполагаемая мощность производства составит 10 тыс. Сообщалось, что этот тест планирует использовать лаборатория «ИнВитро»: начать тестирования в своих лабораториях компания собирается в апреле. ФМБА начало выпуск своих тест-систем 30 марта.